Même si l'érosion a fait son oeuvre, l'origine volcanique de Mayotte lui donne un relief très accidenté. L'île culmine à 660 m au mont Bénara. Cette hauteur peut être mise en opposition avec le sommet de l'île voisine d'Anjouan, plus jeune, où l'on peut monter à plus de 1500 mètres.
Mayotte continue de s'enfoncer dans son lagon et finira un jour par disparaître, tout comme l'ancienne voisine dont il ne reste plus que quelques récifs : le Banc du Geyser, situé au nord-est, entre Mayotte et Madagascar.
La passe en S qui perce la barrière de corail en donnant accès au grand large, est tout ce qui reste de ce qui fut l'embouchure d'une rivière.

Cycle de vie d'une île volcanique :